mri_vol_data.h

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#ifndef MRI_VOL_DATA_H
#define MRI_VOL_DATA_H
 
//=============================================================================================================
// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "mri_global.h"
#include "mri_types.h"
 
#include <fiff/fiff_coord_trans.h>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QString>
#include <QVector>
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE MRILIB
//=============================================================================================================
 
namespace MRILIB {
 
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struct MRISHARED_EXPORT MriSlice
{
    QString                     fileName;       
    QVector<unsigned char>      pixels;         
    QVector<unsigned short>     pixelsWord;     
    QVector<float>              pixelsFloat;    
    int                         pixelFormat;    
    int                         width;          
    int                         height;         
    float                       dimx;           
    float                       dimy;           
    float                       scale;          
    FIFFLIB::FiffCoordTrans     trans;          
 
    //=========================================================================================================
    MriSlice()
    : pixelFormat(1)    // FIFFV_MRI_PIXEL_BYTE
    , width(0)
    , height(0)
    , dimx(COR_PIXEL_SIZE)
    , dimy(COR_PIXEL_SIZE)
    , scale(1.0f)
    {}
};
 
//=============================================================================================================
class MRISHARED_EXPORT MriVolData
{
public:
    //=========================================================================================================
    MriVolData();
 
    //=========================================================================================================
    bool read(const QString& path);
 
    //=========================================================================================================
    bool isValid() const;
 
    //=========================================================================================================
    int dimX() const { return width; }
 
    //=========================================================================================================
    int dimY() const { return height; }
 
    //=========================================================================================================
    int dimZ() const { return depth; }
 
    //=========================================================================================================
    QVector<int> dims() const { return {width, height, depth}; }
 
    //=========================================================================================================
    QVector<float> voxelDataAsFloat() const;
 
    //=========================================================================================================
    Eigen::Matrix4f computeVox2Ras() const;
 
    //=========================================================================================================
    Eigen::Matrix4f computeVox2RasTkr() const;
 
    //=========================================================================================================
    // MGH Header Fields
    //=========================================================================================================
 
    QString     fileName;           
    int         version;            
    int         width;              
    int         height;             
    int         depth;              
    int         nframes;            
    int         type;               
    int         dof;                
    bool        rasGood;            
    float       xsize;              
    float       ysize;              
    float       zsize;              
    Eigen::Vector3f  x_ras;    
    Eigen::Vector3f  y_ras;    
    Eigen::Vector3f  z_ras;    
    Eigen::Vector3f  c_ras;    
 
    //=========================================================================================================
    // Coordinate Transforms
    //=========================================================================================================
 
    FIFFLIB::FiffCoordTrans  voxelSurfRasT;      
 
    //=========================================================================================================
    // Optional Footer Data (scan parameters)
    //=========================================================================================================
 
    float       TR;                 
    float       flipAngle;          
    float       TE;                 
    float       TI;                 
    float       FoV;                
 
    //=========================================================================================================
    // Talairach Transform
    //=========================================================================================================
 
    QString     talairachXfmPath;   
 
    //=========================================================================================================
    // Slice Data
    //=========================================================================================================
 
    QVector<MriSlice> slices;       
};
 
} // namespace MRILIB
 
#endif // MRI_VOL_DATA_H