ioutils.h

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//=============================================================================================================
 
#ifndef IOUTILS_H
#define IOUTILS_H
 
//=============================================================================================================
// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "utils_global.h"
#include <ios>
#include <string>
#include <sstream>
#include <vector>
#include <fstream>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QSharedPointer>
#include <QTextStream>
#include <QFile>
#include <QDebug>
#include <QStringList>
#include <QRegularExpression>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE UTILSLIB
//=============================================================================================================
 
namespace UTILSLIB
{
 
//=============================================================================================================
// FORWARD DECLARATIONS
//=============================================================================================================
 
//=============================================================================================================
class UTILSSHARED_EXPORT IOUtils
{
public:
    typedef QSharedPointer<IOUtils> SPtr;            
    typedef QSharedPointer<const IOUtils> ConstSPtr; 
 
    //=========================================================================================================
    ~IOUtils(){};
 
    //=========================================================================================================
    static qint32 fread3(QDataStream &p_qStream);
 
    //=========================================================================================================
    static qint32 fread3(std::iostream& stream);
 
    //=========================================================================================================
    static Eigen::VectorXi fread3_many(QDataStream &p_qStream, qint32 count);
 
    //=========================================================================================================
    static Eigen::VectorXi fread3_many(std::iostream &stream, qint32 count);
 
    //=========================================================================================================
    static qint16 swap_short (qint16 source);
 
    //=========================================================================================================
    static qint32 swap_int (qint32 source);
 
    //=========================================================================================================
    static void swap_intp (qint32 *source);
 
    //=========================================================================================================
    static qint64 swap_long (qint64 source);
 
    //=========================================================================================================
    static void swap_longp (qint64 *source);
 
    //=========================================================================================================
    static float swap_float (float source);
 
    //=========================================================================================================
    static void swap_floatp (float *source);
 
    //=========================================================================================================
    static void swap_doublep(double *source);
 
    //=========================================================================================================
    template<typename T>
    static bool write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& in, const QString& sPath, const QString& sDescription = QString());
    template<typename T>
    static bool write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, 1, Eigen::Dynamic>& in, const QString& sPath, const QString& sDescription = QString());
    template<typename T>
    static bool write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& in, const QString& sPath, const QString& sDescription = QString());
 
    //=========================================================================================================
    template<typename T>
    static bool write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& in, const std::string& sPath, const std::string& sDescription = std::string());
    template<typename T>
    static bool write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, 1, Eigen::Dynamic>& in, const std::string& sPath, const std::string& sDescription = std::string());
    template<typename T>
    static bool write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& in, const std::string& sPath, const std::string& sDescription = std::string());
 
    //=========================================================================================================
    template<typename T>
    static bool read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& out, const QString& path);
    template<typename T>
    static bool read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, 1, Eigen::Dynamic>& out, const QString& path);
    template<typename T>
    static bool read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& out, const QString& path);
 
    //=========================================================================================================
    template<typename T>
    static bool read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& out, const std::string& path);
    template<typename T>
    static bool read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, 1, Eigen::Dynamic>& out, const std::string& path);
    template<typename T>
    static bool read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& out, const std::string& path);
 
    //=========================================================================================================
    static QStringList get_new_chnames_conventions(const QStringList& chNames);
 
    //=========================================================================================================
    static std::vector<std::string> get_new_chnames_conventions(const std::vector<std::string>& chNames);
 
    //=========================================================================================================
    static QStringList get_old_chnames_conventions(const QStringList& chNames);
 
    //=========================================================================================================
    static std::vector<std::string> get_old_chnames_conventions(const std::vector<std::string>& chNames);
 
    //=========================================================================================================
    static bool check_matching_chnames_conventions(const QStringList& chNamesA, const QStringList& chNamesB, bool bCheckForNewNamingConvention = false);
 
    //=========================================================================================================
    static bool check_matching_chnames_conventions(const std::vector<std::string>& chNamesA, const std::vector<std::string>& chNamesB, bool bCheckForNewNamingConvention = false);
};
 
//=============================================================================================================
// INLINE DEFINITIONS
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, 1, Eigen::Dynamic>& in, const QString& sPath, const QString& sDescription)
{
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> matrixName(1,in.cols());
    matrixName.row(0)= in;
    return IOUtils::write_eigen_matrix(matrixName, sPath, sDescription);
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& in, const QString& sPath, const QString& sDescription)
{
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> matrixName(in.rows(),1);
    matrixName.col(0)= in;
    return IOUtils::write_eigen_matrix(matrixName, sPath, sDescription);
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& in, const QString& sPath, const QString& sDescription)
{
    QFile file(sPath);
    if(file.open(QIODevice::WriteOnly|QIODevice::Truncate))
    {
        QTextStream stream(&file);
        if(!sDescription.isEmpty()) {
            stream<<"# Dimensions (rows x cols): "<<in.rows()<<" x "<<in.cols()<<"\n";
            stream<<"# Description: "<<sDescription<<"\n";
        }
 
        for(int row = 0; row<in.rows(); row++) {
            for(int col = 0; col<in.cols(); col++)
                stream << in(row, col)<<" ";
            stream<<"\n";
        }
    } else {
        qWarning()<<"Could not write Eigen element to file! Path does not exist!";
        return false;
    }
 
    file.close();
 
    return true;
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, 1, Eigen::Dynamic>& in, const std::string& sPath, const std::string& sDescription)
{
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> matrixName(1,in.cols());
    matrixName.row(0)= in;
    return IOUtils::write_eigen_matrix(matrixName, sPath, sDescription);
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& in, const std::string& sPath, const std::string& sDescription)
{
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> matrixName(in.rows(),1);
    matrixName.col(0)= in;
    return IOUtils::write_eigen_matrix(matrixName, sPath, sDescription);
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::write_eigen_matrix(const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& in, const std::string& sPath, const std::string& sDescription)
{
    std::ofstream outputFile(sPath);
    if(outputFile.is_open())
    {
        if(!sDescription.empty()) {
            outputFile<<"# Dimensions (rows x cols): "<<in.rows()<<" x "<<in.cols()<<"\n";
            outputFile<<"# Description: "<<sDescription<<"\n";
        }
 
        for(int row = 0; row<in.rows(); row++) {
            for(int col = 0; col<in.cols(); col++)
                outputFile << in(row, col)<<" ";
            outputFile<<"\n";
        }
    } else {
        qWarning()<<"Could not write Eigen element to file! Path does not exist!";
        return false;
    }
 
    return true;
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, 1, Eigen::Dynamic>& out, const QString& path)
{
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> matrixName;
    bool bStatus = IOUtils::read_eigen_matrix(matrixName, path);
 
    if(matrixName.rows() > 0)
    {
        out = matrixName.row(0);
    }
 
    return bStatus;
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& out, const QString& path)
{
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> matrixName;
    bool bStatus = IOUtils::read_eigen_matrix(matrixName, path);
 
    if(matrixName.cols() > 0)
    {
        out = matrixName.col(0);
    }
 
    return bStatus;
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& out, const QString& path)
{
    QFile file(path);
 
    if(file.open(QIODevice::ReadOnly | QIODevice::Text)) {
        //Start reading from file
        QTextStream in(&file);
        QList<Eigen::VectorXd> help;
 
        while(!in.atEnd())
        {
            QString line = in.readLine();
            if(!line.contains("#")) {
                QStringList fields = line.split(QRegularExpression("\\s+"));
 
                //Delete last element if it is a blank character
                if(fields.at(fields.size()-1) == "")
                    fields.removeLast();
 
                Eigen::VectorXd x (fields.size());
 
                for (int j = 0; j<fields.size(); j++) {
                    x(j) = fields.at(j).toDouble();
                }
 
                help.append(x);
            }
        }
 
        int rows = help.size();
        int cols = rows <= 0 ? 0 : help.at(0).rows();
 
        out.resize(rows, cols);
 
        for (int i=0; i < help.length(); i++) {
            out.row(i) = help[i].transpose();
        }
    } else {
        qWarning()<<"IOUtils::read_eigen_matrix - Could not read Eigen element from file! Path does not exist!";
        return false;
    }
 
    return true;
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, 1, Eigen::Dynamic>& out, const std::string& path)
{
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> matrixName;
    bool bStatus = IOUtils::read_eigen_matrix(matrixName, path);
 
    if(matrixName.rows() > 0)
    {
        out = matrixName.row(0);
    }
 
    return bStatus;
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>& out, const std::string& path)
{
    Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> matrixName;
    bool bStatus = IOUtils::read_eigen_matrix(matrixName, path);
 
    if(matrixName.cols() > 0)
    {
        out = matrixName.col(0);
    }
 
    return bStatus;
}
 
//=============================================================================================================
 
template<typename T>
bool IOUtils::read_eigen_matrix(Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& out, const std::string& path)
{
    std::ifstream inputFile(path);
 
    if(inputFile.is_open()) {
        //Start reading from file
        std::vector<Eigen::VectorXd> help;
 
        std::string line;
 
        while(std::getline(inputFile, line)){
            if(line.find('#') == std::string::npos){
                std::vector<double> elements;
                std::stringstream stream{line};
                std::string element;
 
                stream >> std::ws;
                while(stream >> element){
                    elements.push_back(std::stod(element));
                    stream >> std::ws;
                }
 
                Eigen::VectorXd x (elements.size());
 
                for(size_t i = 0; i < elements.size(); ++i){
                    x(i) = elements.at(i);
                }
 
                help.push_back(std::move(x));
            }
        }
 
        int rows = help.size();
        int cols = rows <= 0 ? 0 : help.at(0).rows();
 
        out.resize(rows, cols);
 
        for (size_t i = 0; i < help.size(); i++) {
            out.row(i) = help[i].transpose();
        }
    } else {
        qWarning()<<"IOUtils::read_eigen_matrix - Could not read Eigen element from file! Path does not exist!";
        return false;
    }
 
    return true;
}
} // NAMESPACE
 
#endif // IOUTILS_H