mri_vol_data.h

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#ifndef MRI_VOL_DATA_H
#define MRI_VOL_DATA_H
 
//=============================================================================================================
// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "mri_global.h"
#include "mri_types.h"
 
#include <fiff/fiff_coord_trans.h>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QString>
#include <QVector>
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE MRILIB
//=============================================================================================================
 
namespace MRILIB
{
 
//=============================================================================================================
struct MRISHARED_EXPORT MriSlice
{
    QString fileName;                   
    QVector<unsigned char> pixels;      
    QVector<unsigned short> pixelsWord; 
    QVector<float> pixelsFloat;         
    int pixelFormat;                    
    int width;                          
    int height;                         
    float dimx;                         
    float dimy;                         
    float scale;                        
    FIFFLIB::FiffCoordTrans trans;      
 
    //=========================================================================================================
    MriSlice()
    : pixelFormat(1) // FIFFV_MRI_PIXEL_BYTE
    , width(0)
    , height(0)
    , dimx(COR_PIXEL_SIZE)
    , dimy(COR_PIXEL_SIZE)
    , scale(1.0f)
    {
    }
};
 
//=============================================================================================================
class MRISHARED_EXPORT MriVolData
{
public:
    //=========================================================================================================
    MriVolData();
 
    //=========================================================================================================
    bool read(const QString& path);
 
    //=========================================================================================================
    bool isValid() const;
 
    //=========================================================================================================
    int dimX() const
    {
        return width;
    }
 
    //=========================================================================================================
    int dimY() const
    {
        return height;
    }
 
    //=========================================================================================================
    int dimZ() const
    {
        return depth;
    }
 
    //=========================================================================================================
    QVector<int> dims() const
    {
        return {width, height, depth};
    }
 
    //=========================================================================================================
    QVector<float> voxelDataAsFloat() const;
 
    //=========================================================================================================
    Eigen::Matrix4f computeVox2Ras() const;
 
    //=========================================================================================================
    Eigen::Matrix4f computeVox2RasTkr() const;
 
    //=========================================================================================================
    // MGH Header Fields
    //=========================================================================================================
 
    QString fileName;      
    int version;           
    int width;             
    int height;            
    int depth;             
    int nframes;           
    int type;              
    int dof;               
    bool rasGood;          
    float xsize;           
    float ysize;           
    float zsize;           
    Eigen::Vector3f x_ras; 
    Eigen::Vector3f y_ras; 
    Eigen::Vector3f z_ras; 
    Eigen::Vector3f c_ras; 
 
    //=========================================================================================================
    // Coordinate Transforms
    //=========================================================================================================
 
    FIFFLIB::FiffCoordTrans voxelSurfRasT; 
 
    //=========================================================================================================
    // Optional Footer Data (scan parameters)
    //=========================================================================================================
 
    float TR;        
    float flipAngle; 
    float TE;        
    float TI;        
    float FoV;       
 
    //=========================================================================================================
    // Talairach Transform
    //=========================================================================================================
 
    QString talairachXfmPath; 
 
    //=========================================================================================================
    // Slice Data
    //=========================================================================================================
 
    QVector<MriSlice> slices; 
};
 
} // namespace MRILIB
 
#endif // MRI_VOL_DATA_H