compute_fwd.h

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#ifndef COMPUTEFWD_H
#define COMPUTEFWD_H
 
//=============================================================================================================
// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "../fwd_global.h"
#include "compute_fwd_settings.h"
 
#include <fiff/fiff_coord_trans.h>
#include "../fwd_coil_set.h"
#include <mne/mne_ctf_comp_data_set.h>
#include "../fwd_eeg_sphere_model_set.h"
#include "../fwd_bem_model.h"
 
#include <mne/mne_named_matrix.h>
#include <mne/mne_nearest.h>
#include <mne/mne_source_space.h>
#include <mne/mne_forwardsolution.h>
 
#include <fiff/fiff_sparse_matrix.h>
 
#include <vector>
#include <memory>
 
#include <fiff/fiff_types.h>
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QSharedPointer>
#include <QString>
 
#include <QCoreApplication>
#include <QFile>
#include <QDir>
 
//=============================================================================================================
// FORWARD DECLARATIONS
//=============================================================================================================
namespace MNELIB {
    class MNEForwardSolution;
}
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE FWDLIB
//=============================================================================================================
 
namespace FWDLIB
{
 
//=============================================================================================================
class FWDSHARED_EXPORT ComputeFwd
{
public:
    typedef QSharedPointer<ComputeFwd> SPtr;             
    typedef QSharedPointer<const ComputeFwd> ConstSPtr;  
 
    //=========================================================================================================
    explicit ComputeFwd(ComputeFwdSettings::SPtr pSettings);
 
    //=========================================================================================================
    virtual ~ComputeFwd();
 
    //=========================================================================================================
    void calculateFwd();
 
    //=========================================================================================================
    void updateHeadPos(const FIFFLIB::FiffCoordTrans& transDevHead);
 
    //=========================================================================================================
    void storeFwd(const QString& sSolName = "default");
 
    // ToDo: make MNEForwardSolution the main output for the solution
    // QSharedPointer<MNELIB::MNEForwardSolution> fwdSolution;  /**< MNE Forward solution that contains all results. */
 
    QSharedDataPointer<FIFFLIB::FiffNamedMatrix> sol;           
    QSharedDataPointer<FIFFLIB::FiffNamedMatrix> sol_grad;      
 
    QSharedDataPointer<FIFFLIB::FiffNamedMatrix> m_meg_forward;            
    QSharedDataPointer<FIFFLIB::FiffNamedMatrix> m_meg_forward_grad;       
    QSharedDataPointer<FIFFLIB::FiffNamedMatrix> m_eeg_forward;            
    QSharedDataPointer<FIFFLIB::FiffNamedMatrix> m_eeg_forward_grad;       
 
    QString qPath;
    QFile file;
 
private:
    //=========================================================================================================
    void initFwd();
 
    std::vector<std::unique_ptr<MNELIB::MNESourceSpace>> m_spaces;  
    int m_iNSource;                                 
    FwdCoilSet* m_templates;                        
    FwdCoilSet* m_megcoils;                         
    FwdCoilSet* m_compcoils;                        
    FwdCoilSet* m_eegels;                           
    std::unique_ptr<MNELIB::MNECTFCompDataSet> m_compData; 
    FwdEegSphereModelSet* m_eegModels;              
    FwdEegSphereModel* m_eegModel;                  
    FwdBemModel *m_bemModel;                        
    Eigen::Vector3f *m_r0;                          
 
    QList<FIFFLIB::FiffChInfo> m_listMegChs;        
    QList<FIFFLIB::FiffChInfo> m_listEegChs;        
    QList<FIFFLIB::FiffChInfo> m_listCompChs;       
    int m_iNChan;                                   
 
    FIFFLIB::fiffId m_mri_id;                       
    FIFFLIB::FiffId m_meas_id;                      
    FIFFLIB::FiffCoordTrans m_mri_head_t;       
    FIFFLIB::FiffCoordTrans m_meg_head_t;       
 
    QSharedPointer<FIFFLIB::FiffInfoBase> m_pInfoBase;
 
    ComputeFwdSettings::SPtr m_pSettings;                
 
    //=========================================================================================================
    int mne_read_meg_comp_eeg_ch_info_41(FIFFLIB::FiffInfoBase::SPtr pFiffInfoBase,
                                         QList<FIFFLIB::FiffChInfo>& listMegCh,
                                         int& iNMeg,
                                         QList<FIFFLIB::FiffChInfo>& listMegComp,
                                         int& iNMegCmp,
                                         QList<FIFFLIB::FiffChInfo>& listEegCh,
                                         int& iNEeg,
                                         FIFFLIB::FiffCoordTrans& transDevHead,
                                         FIFFLIB::FiffId& id);
 
};
 
//=============================================================================================================
// INLINE DEFINITIONS
//=============================================================================================================
} //NAMESPACE
 
#endif // COMPUTEFWDSETTINGS_H