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simulate.h
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1//=============================================================================================================
18
19#ifndef SIMULATE_DSP_H
20#define SIMULATE_DSP_H
21
22//=============================================================================================================
23// INCLUDES
24//=============================================================================================================
25
26#include "dsp_global.h"
27
28//=============================================================================================================
29// EIGEN INCLUDES
30//=============================================================================================================
31
32#include <Eigen/Core>
33
34//=============================================================================================================
35// QT INCLUDES
36//=============================================================================================================
37
38#include <QList>
39
40//=============================================================================================================
41// FORWARD DECLARATIONS
42//=============================================================================================================
43
44namespace INVLIB
45{
47}
48namespace FIFFLIB
49{
50class FiffEvoked;
51class FiffInfo;
52class FiffCov;
53}
54namespace MNELIB
55{
57}
58
59//=============================================================================================================
60// DEFINE NAMESPACE UTILSLIB
61//=============================================================================================================
62
63namespace UTILSLIB
64{
65
66//=============================================================================================================
73{
74 float sfreq = 1000.0f;
75 float tmin = 0.0f;
76 float duration = 0.5f;
77 int seed = 42;
78};
79
80//=============================================================================================================
95 const Eigen::VectorXi& activeVertices,
96 const Eigen::VectorXi& allVertices,
97 const SimulateStcParams& params = SimulateStcParams());
98
99//=============================================================================================================
112 const Eigen::MatrixXd& waveforms,
113 const Eigen::VectorXi& activeVertices,
114 const Eigen::VectorXi& allVertices,
115 float tmin = 0.0f,
116 float tstep = 0.001f);
117
118//=============================================================================================================
138 const INVLIB::InvSourceEstimate& stc,
139 const FIFFLIB::FiffInfo& info,
140 const FIFFLIB::FiffCov& noiseCov,
141 int nave = 1,
142 int seed = 42);
143
144//=============================================================================================================
158 const INVLIB::InvSourceEstimate& stc,
159 const FIFFLIB::FiffInfo& info);
160
161} // namespace UTILSLIB
162
163#endif // SIMULATE_DSP_H
Export/import macros and namespace declaration for the DSP library.
#define DSPSHARED_EXPORT
Definition dsp_global.h:50
Core MNE data structures (source spaces, source estimates, hemispheres).
FIFF file I/O, in-memory data structures and high-level readers/writers.
Shared utilities (I/O helpers, spectral analysis, layout management, warp algorithms).
DSPSHARED_EXPORT INVLIB::InvSourceEstimate simulateStc(const Eigen::VectorXi &activeVertices, const Eigen::VectorXi &allVertices, const SimulateStcParams &params=SimulateStcParams())
Create a synthetic source time course.
DSPSHARED_EXPORT INVLIB::InvSourceEstimate simulateStcFromWaveforms(const Eigen::MatrixXd &waveforms, const Eigen::VectorXi &activeVertices, const Eigen::VectorXi &allVertices, float tmin=0.0f, float tstep=0.001f)
Create a synthetic source time course from custom waveforms.
DSPSHARED_EXPORT FIFFLIB::FiffEvoked simulateEvokedNoiseless(const MNELIB::MNEForwardSolution &fwd, const INVLIB::InvSourceEstimate &stc, const FIFFLIB::FiffInfo &info)
Simulate evoked data without noise.
Definition simulate.cpp:199
DSPSHARED_EXPORT FIFFLIB::FiffEvoked simulateEvoked(const MNELIB::MNEForwardSolution &fwd, const INVLIB::InvSourceEstimate &stc, const FIFFLIB::FiffInfo &info, const FIFFLIB::FiffCov &noiseCov, int nave=1, int seed=42)
Simulate evoked data from a source estimate and forward model.
Definition simulate.cpp:146
Inverse source estimation (MNE, dSPM, sLORETA, dipole fitting).
Parameters for source time course simulation.
Definition simulate.h:73
FIFF noise / data covariance: matrix, channel names, kind, applied projectors, bads,...
Definition fiff_cov.h:82
Single averaged evoked response: time axis, data, baseline, channel info and averaging metadata.
Definition fiff_evoked.h:77
Full FIFF measurement info: per-channel descriptors, sampling and filter setup, projectors,...
Definition fiff_info.h:90
Source-space inverse-solution container with dense grid plus optional focal-dipole,...
In-memory representation of an -fwd.fif forward solution.