connectivitysettings.h

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#ifndef CONNECTIVITYSETTINGS_H
#define CONNECTIVITYSETTINGS_H
 
//=============================================================================================================
// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "connectivity_global.h"
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QSharedPointer>
#include <QStringList>
#include <QVector>
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// FORWARD DECLARATIONS
//=============================================================================================================
 
namespace MNELIB
{
class MNEForwardSolution;
}
 
namespace FSLIB
{
class FsSurfaceSet;
}
 
namespace FIFFLIB
{
class FiffInfo;
}
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE CONNECTIVITYLIB
//=============================================================================================================
 
namespace CONNECTIVITYLIB
{
 
//=============================================================================================================
// CONNECTIVITYLIB FORWARD DECLARATIONS
//=============================================================================================================
 
//=============================================================================================================
class CONNECTIVITYSHARED_EXPORT ConnectivitySettings
{
public:
    typedef QSharedPointer<ConnectivitySettings> SPtr;            
    typedef QSharedPointer<const ConnectivitySettings> ConstSPtr; 

    struct IntermediateTrialData
    {
        Eigen::MatrixXd matData;
        Eigen::MatrixXd matPsd;
        QVector<Eigen::MatrixXcd> vecTapSpectra;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXcd>> vecPairCsd;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXcd>> vecPairCsdNormalized;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXd>> vecPairCsdImagSign;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXd>> vecPairCsdImagAbs;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXd>> vecPairCsdImagSqrd;
    };

    struct IntermediateSumData
    {
        Eigen::MatrixXd matPsdSum;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXcd>> vecPairCsdSum;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXcd>> vecPairCsdNormalizedSum;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXd>> vecPairCsdImagSignSum;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXd>> vecPairCsdImagAbsSum;
        QVector<QPair<int, Eigen::MatrixXd>> vecPairCsdImagSqrdSum;
    };
 
    //=========================================================================================================
    explicit ConnectivitySettings();
 
    void clearAllData();
 
    void clearIntermediateData();
 
    void append(const QList<Eigen::MatrixXd>& matInputData);
 
    void append(const Eigen::MatrixXd& matInputData);
 
    void append(const ConnectivitySettings::IntermediateTrialData& inputData);
 
    const IntermediateTrialData& at(int i) const;
 
    int size() const;
 
    bool isEmpty() const;
 
    void removeFirst(int iAmount = 1);
 
    void removeLast(int iAmount = 1);
 
    void setConnectivityMethods(const QStringList& sConnectivityMethods);
 
    const QStringList& getConnectivityMethods() const;
 
    void setSamplingFrequency(int iSFreq);
 
    int getSamplingFrequency() const;
 
    void setFFTSize(int iNfft);
 
    int getFFTSize() const;
 
    void setWindowType(const QString& sWindowType);
 
    const QString& getWindowType() const;
 
    void setNodePositions(const FIFFLIB::FiffInfo& fiffInfo,
                          const Eigen::RowVectorXi& picks);
 
    void setNodePositions(const MNELIB::MNEForwardSolution& forwardSolution,
                          const FSLIB::FsSurfaceSet& surfSet);
 
    void setNodePositions(const Eigen::MatrixX3f& matNodePositions);
 
    const Eigen::MatrixX3f& getNodePositions() const;
 
    QList<IntermediateTrialData>& getTrialData();
 
    IntermediateSumData& getIntermediateSumData();
 
protected:
    QStringList m_sConnectivityMethods; 
    QString m_sWindowType;              
 
    float m_fSFreq;          
    int m_iNfft;             
    float m_fFreqResolution; 
 
    Eigen::MatrixX3f m_matNodePositions; 
 
    IntermediateSumData m_intermediateSumData; 
    QList<IntermediateTrialData> m_trialData;  
};
 
//=============================================================================================================
// INLINE DEFINITIONS
//=============================================================================================================
} // namespace CONNECTIVITYLIB
 
#ifndef metatype_connectivitysettings
#define metatype_connectivitysettings
Q_DECLARE_METATYPE(CONNECTIVITYLIB::ConnectivitySettings)
#endif
 
#endif // CONNECTIVITYSETTINGS_H