fs_label.cpp

Go to the documentation of this file.

//=============================================================================================================
 
//=============================================================================================================
// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "fs_label.h"
#include "fs_surface.h"
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QFile>
#include <QTextStream>
#include <QStringList>
#include <QSet>
#include <QRegularExpression>
//#include <QDebug>
 
#include <iostream>
#include <vector>
 
//=============================================================================================================
// USED NAMESPACES
//=============================================================================================================
 
using namespace FSLIB;
using namespace Eigen;
 
//=============================================================================================================
// DEFINE MEMBER METHODS
//=============================================================================================================
 
FsLabel::FsLabel()
: hemi(-1)
, label_id(-1)
{
}
 
//=============================================================================================================
 
FsLabel::FsLabel(const VectorXi& p_vertices,
                 const MatrixX3f& p_pos,
                 const VectorXd& p_values,
                 qint32 p_hemi,
                 const QString& p_name,
                 qint32 p_id)
: vertices(p_vertices)
, pos(p_pos)
, values(p_values)
, hemi(p_hemi)
, name(p_name)
, label_id(p_id)
{
}
 
//=============================================================================================================
 
FsLabel::~FsLabel()
{
}
 
//=============================================================================================================
 
void FsLabel::clear()
{
    comment = QString("");
    hemi = -1;
    name = QString("");
    vertices = VectorXi();
    pos = MatrixX3f(0, 3);
    values = VectorXd();
 
    label_id = -1;
}
 
//=============================================================================================================
 
MatrixX3i FsLabel::selectTris(const FsSurface& p_Surface)
{
    //    //check whether there are data to create the tris
    //    if(this->vertices.size() == 0)
    //        return MatrixX3i(0,3);
 
    //    MatrixX3i tris(p_Surface.tris().rows(),3);
 
    //    QSet<int> verts;
    //    verts.reserve(this->vertices.size());
    //    for(qint32 i = 0; i < this->vertices.size(); ++i)
    //        verts.insert(this->vertices[i]);
 
    //    //
    //    // Search for all the tris where is at least one corner part of the label
    //    //
    //    qint32 t_size = 0;
    //    for(qint32 i = 0; i < p_Surface.tris().rows(); ++i)
    //    {
    //        if(verts.contains(p_Surface.tris()(i,0)) || verts.contains(p_Surface.tris()(i,1)) || verts.contains(p_Surface.tris()(i,2)))
    //        {
    //            tris.row(t_size) = p_Surface.tris().row(i);
    //            ++t_size;
    //        }
    //    }
 
    //    tris.conservativeResize(t_size, 3);
 
    return this->selectTris(p_Surface.tris()); //tris;
}
 
//=============================================================================================================
 
MatrixX3i FsLabel::selectTris(const MatrixX3i& p_matTris)
{
    //check whether there are data to create the tris
    if (this->vertices.size() == 0)
        return MatrixX3i(0, 3);
 
    MatrixX3i tris(p_matTris.rows(), 3);
 
    QSet<int> verts;
    verts.reserve(this->vertices.size());
    for (qint32 i = 0; i < this->vertices.size(); ++i)
        verts.insert(this->vertices[i]);
 
    //
    // Search for all the tris where is at least one corner part of the label
    //
    qint32 t_size = 0;
    for (qint32 i = 0; i < p_matTris.rows(); ++i) {
        if (verts.contains(p_matTris(i, 0)) || verts.contains(p_matTris(i, 1)) || verts.contains(p_matTris(i, 2))) {
            tris.row(t_size) = p_matTris.row(i);
            ++t_size;
        }
    }
 
    tris.conservativeResize(t_size, 3);
 
    return tris;
}
 
//=============================================================================================================
 
bool FsLabel::read(const QString& p_sFileName, FsLabel& p_Label)
{
    p_Label.clear();
 
    if (p_sFileName.mid(p_sFileName.size() - 6, 6).compare(".label") != 0) {
        qWarning("Given file (%s) is not a .label file!\n", p_sFileName.toUtf8().constData());
        return false;
    }
 
    qInfo("Reading label...");
    QFile t_File(p_sFileName);
 
    if (!t_File.open(QIODevice::ReadOnly | QIODevice::Text)) {
        qWarning("\tError: Couldn't open the label file\n");
        return false;
    }
 
    QTextStream t_TextStream(&t_File);
 
    QString comment = t_TextStream.readLine();
    qint32 nv = t_TextStream.readLine().toInt();
 
    MatrixXd data(nv, 5);
 
    QStringList list;
    qint32 count;
    bool isNumber;
    double value;
    for (qint32 i = 0; i < nv; ++i) {
        count = 0;
 
#if QT_VERSION < QT_VERSION_CHECK(6, 0, 0)
        auto skip = QString::SkipEmptyParts;
#else
        auto skip = Qt::SkipEmptyParts;
#endif
 
        list = t_TextStream.readLine().split(QRegularExpression("\\s+"), skip);
 
        for (qint32 j = 0; j < list.size(); ++j) {
            value = list[j].toDouble(&isNumber);
            if (isNumber) {
                data(i, count) = value;
                ++count;
            }
        }
    }
 
    p_Label.comment = comment.mid(1, comment.size() - 1);
    if (t_File.fileName().contains("lh."))
        p_Label.hemi = 0;
    else
        p_Label.hemi = 1;
 
    //This structure is not need since we don't mix both hemis
    //    p_Label.vertices.insert(p_Label.hemi, data.cast<int>().block(0,0,data.rows(),1));
    //    p_Label.pos.insert(p_Label.hemi, data.cast<float>().block(0,1,data.rows(),3).array() * 1e-3);
    //    p_Label.values.insert(p_Label.hemi, data.block(0,4,data.rows(),1));
    p_Label.vertices = data.cast<int>().block(0, 0, data.rows(), 1);
    p_Label.pos = data.cast<float>().block(0, 1, data.rows(), 3).array() * 1e-3f;
    p_Label.values = data.block(0, 4, data.rows(), 1);
 
    if (t_File.fileName().contains("lh.label")) {
        QStringList tmpList = t_File.fileName().split("lh.")[0].split(QRegularExpression("\\W+"));
        p_Label.name = tmpList[tmpList.size() - 1];
    } else if (t_File.fileName().contains("lh."))
        p_Label.name = t_File.fileName().split("lh.")[1].split(QRegularExpression("\\W+"))[0];
 
    qInfo("[done]\n");
 
    t_File.close();
 
    return true;
}