mne_surface.h

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#ifndef MNE_SURFACE_H
#define MNE_SURFACE_H
 
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// INCLUDES
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#include "mne_global.h"
#include "mne_surface_or_volume.h"
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
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#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <memory>
 
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// DEFINE NAMESPACE MNELIB
//=============================================================================================================
 
namespace MNELIB
{
 
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// FORWARD DECLARATIONS
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class MNEProjData;
 
//=============================================================================================================
class MNESHARED_EXPORT MNESurface : public MNESurfaceOrVolume
{
public:
    typedef std::shared_ptr<MNESurface> SPtr;            
    typedef std::shared_ptr<const MNESurface> ConstSPtr; 
    typedef std::unique_ptr<MNESurface> UPtr;            
 
    //=========================================================================================================
    MNESurface();
 
    //=========================================================================================================
    ~MNESurface();
 
    //=========================================================================================================
    void writeToStream(FIFFLIB::FiffStream* p_pStream);
 
    //=========================================================================================================
    // FsSurface geometry const methods
    //=========================================================================================================

    double sum_solids(const Eigen::Vector3f& from) const;

    void triangle_coords(const Eigen::Vector3f& r, int tri,
                         float& x, float& y, float& z) const;

    int nearest_triangle_point(const Eigen::Vector3f& r,
                               const MNEProjData* user,
                               int tri,
                               float& x, float& y, float& z) const;

    int nearest_triangle_point(const Eigen::Vector3f& r,
                               int tri,
                               float& x, float& y, float& z) const;

    Eigen::Vector3f project_to_triangle(int tri, float p, float q) const;

    Eigen::Vector3f project_to_triangle(int best, const Eigen::Vector3f& r) const;

    int project_to_surface(const MNEProjData* proj_data,
                           const Eigen::Vector3f& r,
                           float& distp) const;

    void find_closest_on_surface_approx(const PointsT& r, int np,
                                        Eigen::VectorXi& nearest_tri,
                                        Eigen::VectorXf& distances,
                                        int nstep) const;

    void decide_search_restriction(MNEProjData& p,
                                   int approx_best,
                                   int nstep,
                                   const Eigen::Vector3f& r) const;

    void activate_neighbors(int start, Eigen::VectorXi& act, int nstep) const;
 
    //=========================================================================================================
    // Non-const mutator
    //=========================================================================================================
 
    //=========================================================================================================
    // Static factory methods
    //=========================================================================================================

    static std::unique_ptr<MNESurface> read_bem_surface(const QString& name, int which,
                                                        bool add_geometry);

    static std::unique_ptr<MNESurface> read_bem_surface(const QString& name, int which,
                                                        bool add_geometry, float& sigma);

    static std::unique_ptr<MNESurface> read_bem_surface2(const QString& name, int which,
                                                         bool add_geometry);

    static std::unique_ptr<MNESurface> read_bem_surface(const QString& name, int which,
                                                        bool add_geometry, float& sigma,
                                                        bool check_too_many_neighbors);
};
 
//=============================================================================================================
// INLINE DEFINITIONS
//=============================================================================================================
} // NAMESPACE MNELIB
 
#endif // MNE_SURFACE_H