mne_epoch_data_list.h

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#ifndef MNE_EPOCH_DATA_LIST_H
#define MNE_EPOCH_DATA_LIST_H
 
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// INCLUDES
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#include <fiff/fiff_types.h>
#include <fiff/fiff_evoked.h>
#include <fiff/fiff_raw_data.h>
 
#include "mne_global.h"
#include "mne_epoch_data.h"
 
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// QT INCLUDES
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#include <QList>
#include <QSharedPointer>
 
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// DEFINE NAMESPACE MNELIB
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namespace MNELIB
{

struct ArtifactRejectionData
{
    bool bRejected = false;  
    Eigen::RowVectorXd data; 
    double dThreshold = 0.0; 
    QString sChName;         
};
 
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class MNESHARED_EXPORT MNEEpochDataList : public QList<MNEEpochData::SPtr>
{
public:
    typedef QSharedPointer<MNEEpochDataList> SPtr;            
    typedef QSharedPointer<const MNEEpochDataList> ConstSPtr; 
 
    //=========================================================================================================
    MNEEpochDataList();
 
    //=========================================================================================================
    ~MNEEpochDataList();
 
    //=========================================================================================================
    static MNEEpochDataList readEpochs(const FIFFLIB::FiffRawData& raw,
                                       const Eigen::MatrixXi& events,
                                       float tmin,
                                       float tmax,
                                       qint32 event,
                                       const QMap<QString, double>& mapReject,
                                       const QStringList& lExcludeChs = QStringList(),
                                       const Eigen::RowVectorXi& picks = Eigen::RowVectorXi());
 
    //=========================================================================================================
    FIFFLIB::FiffEvoked average(const FIFFLIB::FiffInfo& p_info,
                                FIFFLIB::fiff_int_t first,
                                FIFFLIB::fiff_int_t last,
                                Eigen::VectorXi sel = FIFFLIB::defaultVectorXi,
                                bool proj = false) const;
 
    //=========================================================================================================
    void applyBaselineCorrection(const QPair<float, float>& baseline);
 
    //=========================================================================================================
    void dropRejected();
 
    //=========================================================================================================
    void pick_channels(const Eigen::RowVectorXi& sel);
 
    //=========================================================================================================
    static bool checkForArtifact(const Eigen::MatrixXd& data,
                                 const FIFFLIB::FiffInfo& pFiffInfo,
                                 const QMap<QString, double>& mapReject,
                                 const QStringList& lExcludeChs = QStringList());
 
    //=========================================================================================================
    static FIFFLIB::FiffEvokedSet averageCategories(const FIFFLIB::FiffRawData& raw,
                                                    const Eigen::MatrixXi& events,
                                                    const QList<int>& eventCodes,
                                                    const QStringList& comments,
                                                    float tmin,
                                                    float tmax,
                                                    const QMap<QString, double>& mapReject = QMap<QString, double>(),
                                                    const QPair<float, float>& baseline = QPair<float, float>(0.0f, 0.0f),
                                                    bool proj = false);
 
    //=========================================================================================================
    static FIFFLIB::FiffEvoked computeAverage(const FIFFLIB::FiffRawData& raw,
                                              const Eigen::MatrixXi& matEvents,
                                              float fTMinS,
                                              float fTMaxS,
                                              qint32 eventType,
                                              bool bApplyBaseline,
                                              float fTBaselineFromS,
                                              float fTBaselineToS,
                                              const QMap<QString, double>& mapReject,
                                              const QStringList& lExcludeChs = QStringList(),
                                              const Eigen::RowVectorXi& vecPicks = Eigen::RowVectorXi());
 
private:
    //=========================================================================================================
    static void checkChThreshold(ArtifactRejectionData& inputData);
};
} // NAMESPACE
 
#endif // MNE_EPOCH_DATA_LIST_H