inv_dipole_fit_settings.h

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#ifndef INV_DIPOLE_FIT_SETTINGS_H
#define INV_DIPOLE_FIT_SETTINGS_H
 
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// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "../inv_global.h"
#include "inv_ecd_set.h"
 
#include <mne/mne_types.h>
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QSharedPointer>
#include <QStringList>
 
#define BIG_TIME 1e6
 
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// DEFINE NAMESPACE INVLIB
//=============================================================================================================
 
namespace INVLIB
{
 
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// FORWARD DECLARATIONS
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//=============================================================================================================
class INVSHARED_EXPORT InvDipoleFitSettings
{
public:
    typedef QSharedPointer<InvDipoleFitSettings> SPtr;             
    typedef QSharedPointer<const InvDipoleFitSettings> ConstSPtr;  
 
    //=========================================================================================================
    explicit InvDipoleFitSettings();
 
    //=========================================================================================================
    explicit InvDipoleFitSettings(int *argc,char **argv);
 
    //=========================================================================================================
    virtual ~InvDipoleFitSettings();
 
    //=========================================================================================================
    void checkIntegrity();
 
public:
    QString bemname;                
    Eigen::Vector3f r0;             
    bool   accurate;                
    QString mriname;                
 
    QString guessname;              
    QString guess_surfname;         
    float guess_rad;                
    float guess_mindist;            
    float guess_exclude;            
    float guess_grid;               
 
    QString noisename;              
    float grad_std;                 
    float mag_std;                  
    float eeg_std;                  
    bool  diagnoise;                
 
    QString measname;               
    bool  is_raw;                   
    QString badname;                
    bool  include_meg;              
    bool  include_eeg;              
    float tmin;                     
    float tmax;                     
    float tstep;                    
    float integ;                    
    float bmin;                     
    float bmax;                     
    bool  do_baseline;              
    int   setno;                    
    bool  verbose;                  
    MNELIB::MNEFilterDef filter;    
    QStringList projnames;          
    bool omit_data_proj;            
 
    QString eeg_model_file;         
    QString eeg_model_name;         
    float  eeg_sphere_rad;          
    bool   scale_eeg_pos;           
    float  mag_reg;                 
    bool   fit_mag_dipoles;         
 
    float  grad_reg;                
    float  eeg_reg;                 
    QString dipname;                
    QString bdipname;               
 
    bool gui;                       
 
private:
    void initMembers();
    void usage(const char *name);
    bool check_unrecognized_args(int argc, char **argv);
    bool check_args (int *argc,char **argv);
};
 
//=============================================================================================================
// INLINE DEFINITIONS
//=============================================================================================================
} //NAMESPACE
 
#endif // INV_DIPOLE_FIT_SETTINGS_H