connectivitysettings.h

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#ifndef CONNECTIVITYSETTINGS_H
#define CONNECTIVITYSETTINGS_H
 
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// INCLUDES
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#include "connectivity_global.h"
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QSharedPointer>
#include <QStringList>
#include <QVector>
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// FORWARD DECLARATIONS
//=============================================================================================================
 
namespace MNELIB {
    class MNEForwardSolution;
}
 
namespace FSLIB {
    class SurfaceSet;
}
 
namespace FIFFLIB {
    class FiffInfo;
}
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE CONNECTIVITYLIB
//=============================================================================================================
 
namespace CONNECTIVITYLIB {
 
//=============================================================================================================
// CONNECTIVITYLIB FORWARD DECLARATIONS
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class CONNECTIVITYSHARED_EXPORT ConnectivitySettings
{
 
public:
    typedef QSharedPointer<ConnectivitySettings> SPtr;            
    typedef QSharedPointer<const ConnectivitySettings> ConstSPtr; 
    struct IntermediateTrialData {
        Eigen::MatrixXd     matData;
        Eigen::MatrixXd     matPsd;
        QVector<Eigen::MatrixXcd>               vecTapSpectra;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXcd> >   vecPairCsd;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXcd> >   vecPairCsdNormalized;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXd> >    vecPairCsdImagSign;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXd> >    vecPairCsdImagAbs;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXd> >    vecPairCsdImagSqrd;
    };
 
    struct IntermediateSumData {
        Eigen::MatrixXd     matPsdSum;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXcd> >   vecPairCsdSum;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXcd> >   vecPairCsdNormalizedSum;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXd> >    vecPairCsdImagSignSum;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXd> >    vecPairCsdImagAbsSum;
        QVector<QPair<int,Eigen::MatrixXd> >    vecPairCsdImagSqrdSum;
    };
 
    //=========================================================================================================
    explicit ConnectivitySettings();
 
    void clearAllData();
 
    void clearIntermediateData();
 
    void append(const QList<Eigen::MatrixXd>& matInputData);
 
    void append(const Eigen::MatrixXd& matInputData);
 
    void append(const ConnectivitySettings::IntermediateTrialData& inputData);
 
    const IntermediateTrialData& at(int i) const;
 
    int size() const;
 
    bool isEmpty() const;
 
    void removeFirst(int iAmount = 1);
 
    void removeLast(int iAmount = 1);
 
    void setConnectivityMethods(const QStringList& sConnectivityMethods);
 
    const QStringList& getConnectivityMethods() const;
 
    void setSamplingFrequency(int iSFreq);
 
    int getSamplingFrequency() const;
 
    void setFFTSize(int iNfft);
 
    int getFFTSize() const;
 
    void setWindowType(const QString& sWindowType);
 
    const QString& getWindowType() const;
 
    void setNodePositions(const FIFFLIB::FiffInfo& fiffInfo,
                          const Eigen::RowVectorXi& picks);
 
    void setNodePositions(const MNELIB::MNEForwardSolution& forwardSolution,
                          const FSLIB::SurfaceSet& surfSet);
 
    void setNodePositions(const Eigen::MatrixX3f& matNodePositions);
 
    const Eigen::MatrixX3f& getNodePositions() const;
 
    QList<IntermediateTrialData>& getTrialData();
 
    IntermediateSumData& getIntermediateSumData();
 
protected:
    QStringList                     m_sConnectivityMethods;         
    QString                         m_sWindowType;                  
    float                           m_fSFreq;                       
    int                             m_iNfft;                        
    float                           m_fFreqResolution;              
    Eigen::MatrixX3f                m_matNodePositions;             
    IntermediateSumData             m_intermediateSumData;          
    QList<IntermediateTrialData>    m_trialData;                    
};
 
//=============================================================================================================
// INLINE DEFINITIONS
//=============================================================================================================
} // namespace CONNECTIVITYLIB
 
#ifndef metatype_connectivitysettings
#define metatype_connectivitysettings
Q_DECLARE_METATYPE(CONNECTIVITYLIB::ConnectivitySettings)
#endif
 
#endif // CONNECTIVITYSETTINGS_H