MNE-CPP  0.1.9
A Framework for Electrophysiology
sensorset.cpp
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1 //=============================================================================================================
35 //=============================================================================================================
36 // INCLUDES
37 //=============================================================================================================
38 
40 #include <iostream>
41 #include <fwd/fwd_coil_set.h>
42 #include <fiff/fiff_ch_info.h>
43 
44 //=============================================================================================================
45 // QT INCLUDES
46 //=============================================================================================================
47 
48 #include <QCoreApplication>
49 
50 //=============================================================================================================
51 // EIGEN INCLUDES
52 //=============================================================================================================
53 
54 #include <Eigen/Dense>
55 
56 //=============================================================================================================
57 // USED NAMESPACES
58 //=============================================================================================================
59 
60 using namespace INVERSELIB;
61 using namespace FIFFLIB;
62 using namespace FWDLIB;
63 using namespace Eigen;
64 
65 //=============================================================================================================
66 // DEFINE GLOBAL METHODS
67 //=============================================================================================================
68 
69 //=============================================================================================================
70 // DEFINE MEMBER METHODS
71 //=============================================================================================================
72 
73 SensorSet::SensorSet(const FwdCoilSet::SPtr pFwdSensorSet)
74 {
75  if(pFwdSensorSet!=nullptr) {
76  initFromFwdCoilSet(pFwdSensorSet);
77  }
78 }
79 
80 //=============================================================================================================
81 
82 void SensorSet::initFromFwdCoilSet(const QSharedPointer<FWDLIB::FwdCoilSet> pFwdSensorSet)
83 {
84  m_ncoils = pFwdSensorSet->ncoil;
85  m_np = pFwdSensorSet->coils[0]->np;
86  initMatrices(m_ncoils,m_np);
87 
88  // get data froms Fwd Coilset
89  for(int i = 0; i < m_ncoils; i++){
90  const FwdCoil* coil = (pFwdSensorSet->coils[i]);
91  MatrixXd matRmag = MatrixXd::Zero(m_np,3);
92  MatrixXd matCosmag = MatrixXd::Zero(m_np,3);
93  RowVectorXd vecW(m_np);
94 
95  m_r0(i,0) = coil->r0[0];
96  m_r0(i,1) = coil->r0[1];
97  m_r0(i,2) = coil->r0[2];
98 
99  m_ez(i,0) = coil->ez[0];
100  m_ez(i,1) = coil->ez[1];
101  m_ez(i,2) = coil->ez[2];
102 
103  for (int p = 0; p < m_np; p++){
104  m_w(i*m_np+p) = coil->w[p];
105  for (int c = 0; c < 3; c++) {
106  matRmag(p,c) = coil->rmag[p][c];
107  matCosmag(p,c) = coil->cosmag[p][c];
108  }
109  }
110 
111  m_cosmag.block(i*m_np,0,m_np,3) = matCosmag;
112  m_rmag.block(i*m_np,0,m_np,3) = matRmag;
113  }
114  m_tra = MatrixXd::Identity(m_ncoils,m_ncoils);
115 }
116 
117 //=============================================================================================================
118 
119 void SensorSet::initMatrices(int ncoils, int np)
120 {
121  m_ez = MatrixXd(ncoils,3);
122  m_r0 = MatrixXd(ncoils,3);
123  m_rmag = MatrixXd(ncoils*np,3);
124  m_cosmag = MatrixXd(ncoils*np,3);
125  m_cosmag = MatrixXd(ncoils*np,3);
126  m_tra = MatrixXd(ncoils,ncoils);
127  m_w = RowVectorXd(ncoils*np);
128 }
129 
130 //=============================================================================================================
131 
133 {
134  const QString qPath = QString(QCoreApplication::applicationDirPath() + "/resources/general/coilDefinitions/coil_def.dat");
135  m_pCoilDefinitions = FwdCoilSet::SPtr(FwdCoilSet::read_coil_defs(qPath));
136 }
137 
138 //=============================================================================================================
139 
140 SensorSet SensorSetCreator::updateSensorSet(const QList<FIFFLIB::FiffChInfo>& channelList,
141  const Accuracy& accuracy)
142 {
143  if(channelList.isEmpty()) {
144  return SensorSet();
145  } else {
146  auto pCoilMeg = FwdCoilSet::SPtr(m_pCoilDefinitions->create_meg_coils(channelList, channelList.size(), static_cast<int>(accuracy), nullptr));
147  return SensorSet(pCoilMeg);
148  }
149 }
150 
151 //=============================================================================================================
float ** cosmag
Definition: fwd_coil.h:181
float ** rmag
Definition: fwd_coil.h:180
float r0[3]
Definition: fwd_coil.h:175
FwdCoil description.
Definition: fwd_coil.h:88
FiffChInfo class declaration.
FwdCoilSet class declaration.
QSharedPointer< FwdCoilSet > SPtr
Definition: fwd_coil_set.h:78
float ez[3]
Definition: fwd_coil.h:178
SensorSet updateSensorSet(const QList< FIFFLIB::FiffChInfo > &channelList, const Accuracy &accuracy)
Definition: sensorset.cpp:140
SensorSet class declaration.