annotate_artifact.h

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#ifndef ANNOTATE_ARTIFACT_DSP_H
#define ANNOTATE_ARTIFACT_DSP_H
 
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// INCLUDES
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#include "dsp_global.h"
#include <fiff/fiff_annotations.h>
 
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// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QString>
#include <QStringList>
 
//=============================================================================================================
// STL INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <limits>
#include <optional>
 
//=============================================================================================================
// FORWARD DECLARATIONS
//=============================================================================================================
 
namespace FIFFLIB
{
class FiffInfo;
}
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE UTILSLIB
//=============================================================================================================
 
namespace UTILSLIB
{
 
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struct DSPSHARED_EXPORT AnnotateMusclParams
{
    double dThreshold = 4.0;     
    double dFilterLow = 110.0;   
    double dFilterHigh = 140.0;  
    double dMinLengthGood = 0.1; 
};
 
//=============================================================================================================
struct DSPSHARED_EXPORT AnnotateAmplitudeParams
{
    std::optional<double> peak;  
    std::optional<double> flat;  
    double dBadPercent = 5.0;    
    double dMinDuration = 0.005; 
};
 
//=============================================================================================================
DSPSHARED_EXPORT FIFFLIB::FiffAnnotations annotateMusclZscore(
    const Eigen::MatrixXd& data,
    const FIFFLIB::FiffInfo& info,
    double sfreq,
    const AnnotateMusclParams& params = AnnotateMusclParams(),
    Eigen::RowVectorXd* scores = nullptr);
 
//=============================================================================================================
DSPSHARED_EXPORT FIFFLIB::FiffAnnotations annotateAmplitude(
    const Eigen::MatrixXd& data,
    const FIFFLIB::FiffInfo& info,
    double sfreq,
    const AnnotateAmplitudeParams& params,
    QStringList* bads = nullptr);
 
} // namespace UTILSLIB
#endif // ANNOTATE_ARTIFACT_DSP_H