fs_annotation.h

Go to the documentation of this file.

//=============================================================================================================
 
#ifndef FS_ANNOTATION_H
#define FS_ANNOTATION_H
 
//=============================================================================================================
// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "fs_global.h"
#include "fs_colortable.h"
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QString>
#include <QSharedPointer>
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE FSLIB
//=============================================================================================================
 
namespace FSLIB
{
 
//=============================================================================================================
// FORWARD DECLARATIONS
//=============================================================================================================
 
class FsLabel;
class FsSurface;
 
//=============================================================================================================
class FSSHARED_EXPORT FsAnnotation
{
public:
    typedef QSharedPointer<FsAnnotation> SPtr;            
    typedef QSharedPointer<const FsAnnotation> ConstSPtr; 
 
    //=========================================================================================================
    FsAnnotation();
 
    //=========================================================================================================
    explicit FsAnnotation(const QString& p_sFileName);
 
    //=========================================================================================================
    explicit FsAnnotation(const QString& subject_id, qint32 hemi, const QString& surf, const QString& subjects_dir);
 
    //=========================================================================================================
    explicit FsAnnotation(const QString& path, qint32 hemi, const QString& surf);
 
    //=========================================================================================================
    ~FsAnnotation();
 
    //=========================================================================================================
    void clear();
 
    //=========================================================================================================
    inline bool isEmpty() const;
 
    //=========================================================================================================
    inline qint32 hemi() const;
 
    //=========================================================================================================
    inline Eigen::VectorXi& getVertices();
 
    //=========================================================================================================
    inline const Eigen::VectorXi getVertices() const;
 
    //=========================================================================================================
    inline Eigen::VectorXi& getLabelIds();
 
    //=========================================================================================================
    inline const Eigen::VectorXi getLabelIds() const;
 
    //=========================================================================================================
    inline FsColortable& getColortable();
 
    //=========================================================================================================
    inline const FsColortable getColortable() const;
 
    //=========================================================================================================
    static bool read(const QString& subject_id, qint32 hemi, const QString& atlas, const QString& subjects_dir, FsAnnotation& p_Annotation);
 
    //=========================================================================================================
    static bool read(const QString& path, qint32 hemi, const QString& atlas, FsAnnotation& p_Annotation);
 
    //=========================================================================================================
    static bool read(const QString& p_sFileName, FsAnnotation& p_Annotation);
 
    //=========================================================================================================
    bool toLabels(const FsSurface& p_surf,
                  QList<FsLabel>& p_qListLabels,
                  QList<Eigen::RowVector4i>& p_qListLabelRGBAs,
                  const QStringList& lLabelPicks = QStringList()) const;
 
    //=========================================================================================================
    inline QString filePath() const;
 
    //=========================================================================================================
    inline QString fileName() const;
 
private:
    QString m_sFileName; 
    QString m_sFilePath; 
 
    qint32 m_iHemi;             
    Eigen::VectorXi m_Vertices; 
    Eigen::VectorXi m_LabelIds; 
 
    FsColortable m_Colortable; 
};
 
//=============================================================================================================
// INLINE DEFINITIONS
//=============================================================================================================
 
inline qint32 FsAnnotation::hemi() const
{
    return m_iHemi;
}
 
//=============================================================================================================
 
inline bool FsAnnotation::isEmpty() const
{
    return m_iHemi == -1;
}
 
//=============================================================================================================
 
inline Eigen::VectorXi& FsAnnotation::getVertices()
{
    return m_Vertices;
}
 
//=============================================================================================================
 
inline const Eigen::VectorXi FsAnnotation::getVertices() const
{
    return m_Vertices;
}
 
//=============================================================================================================
 
inline Eigen::VectorXi& FsAnnotation::getLabelIds()
{
    return m_LabelIds;
}
 
//=============================================================================================================
 
inline const Eigen::VectorXi FsAnnotation::getLabelIds() const
{
    return m_LabelIds;
}
 
//=============================================================================================================
 
inline FsColortable& FsAnnotation::getColortable()
{
    return m_Colortable;
}
 
//=============================================================================================================
 
inline const FsColortable FsAnnotation::getColortable() const
{
    return m_Colortable;
}
 
//=============================================================================================================
 
inline QString FsAnnotation::filePath() const
{
    return m_sFilePath;
}
 
//=============================================================================================================
 
inline QString FsAnnotation::fileName() const
{
    return m_sFileName;
}
} // NAMESPACE
 
#endif // FS_ANNOTATION_H