mne_epoch_data_list.h

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#ifndef MNE_EPOCH_DATA_LIST_H
#define MNE_EPOCH_DATA_LIST_H
 
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// INCLUDES
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#include <fiff/fiff_types.h>
#include <fiff/fiff_evoked.h>
#include <fiff/fiff_raw_data.h>
 
#include "mne_global.h"
#include "mne_epoch_data.h"
 
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// QT INCLUDES
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#include <QList>
#include <QSharedPointer>
 
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// DEFINE NAMESPACE MNELIB
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namespace MNELIB
{

struct ArtifactRejectionData {
    bool bRejected = false;
    Eigen::RowVectorXd data;
    double dThreshold;
    QString sChName;
};
 
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class MNESHARED_EXPORT MNEEpochDataList : public QList<MNEEpochData::SPtr>
{
 
public:
    typedef QSharedPointer<MNEEpochDataList> SPtr;              
    typedef QSharedPointer<const MNEEpochDataList> ConstSPtr;   
 
    //=========================================================================================================
    MNEEpochDataList();
 
    //=========================================================================================================
    ~MNEEpochDataList();
 
    //=========================================================================================================
    static MNEEpochDataList readEpochs(const FIFFLIB::FiffRawData& raw,
                                       const Eigen::MatrixXi& events,
                                       float tmin,
                                       float tmax,
                                       qint32 event,
                                       const QMap<QString,double>& mapReject,
                                       const QStringList &lExcludeChs = QStringList(),
                                       const Eigen::RowVectorXi& picks = Eigen::RowVectorXi());
 
    //=========================================================================================================
    FIFFLIB::FiffEvoked average(const FIFFLIB::FiffInfo &p_info,
                                FIFFLIB::fiff_int_t first,
                                FIFFLIB::fiff_int_t last,
                                Eigen::VectorXi sel = FIFFLIB::defaultVectorXi,
                                bool proj = false) const;
 
    //=========================================================================================================
    void applyBaselineCorrection(const QPair<float, float> &baseline);
 
    //=========================================================================================================
    void dropRejected();
 
    //=========================================================================================================
    void pick_channels(const Eigen::RowVectorXi& sel);
 
    //=========================================================================================================
    static bool checkForArtifact(const Eigen::MatrixXd& data,
                                 const FIFFLIB::FiffInfo& pFiffInfo,
                                 const QMap<QString,double>& mapReject,
                                 const QStringList &lExcludeChs = QStringList());
 
    static void checkChThreshold(ArtifactRejectionData& inputData);
 
    //=========================================================================================================
    static FIFFLIB::FiffEvokedSet averageCategories(const FIFFLIB::FiffRawData &raw,
                                                     const Eigen::MatrixXi &events,
                                                     const QList<int> &eventCodes,
                                                     const QStringList &comments,
                                                     float tmin,
                                                     float tmax,
                                                     const QMap<QString,double> &mapReject = QMap<QString,double>(),
                                                     const QPair<float,float> &baseline = QPair<float,float>(0.0f, 0.0f),
                                                     bool proj = false);
 
    //=========================================================================================================
    static FIFFLIB::FiffEvoked computeAverage(const FIFFLIB::FiffRawData& raw,
                                              const Eigen::MatrixXi& matEvents,
                                              float fTMinS,
                                              float fTMaxS,
                                              qint32 eventType,
                                              bool bApplyBaseline,
                                              float fTBaselineFromS,
                                              float fTBaselineToS,
                                              const QMap<QString,double>& mapReject,
                                              const QStringList &lExcludeChs = QStringList(),
                                              const Eigen::RowVectorXi& vecPicks = Eigen::RowVectorXi());
};
} // NAMESPACE
 
#endif // MNE_EPOCH_DATA_LIST_H