MNE-CPP  0.1.9
A Framework for Electrophysiology
minimumnorm.h
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1 //=============================================================================================================
37 #ifndef MINIMUMNORM_H
38 #define MINIMUMNORM_H
39 
40 //=============================================================================================================
41 // INCLUDES
42 //=============================================================================================================
43 
44 #include "../inverse_global.h"
45 #include "../IInverseAlgorithm.h"
46 
47 #include <mne/mne_inverse_operator.h>
48 #include <fs/label.h>
49 
50 #include <QSharedPointer>
51 
52 //=============================================================================================================
53 // DEFINE NAMESPACE INVERSELIB
54 //=============================================================================================================
55 
56 namespace INVERSELIB
57 {
58 
59 //=============================================================================================================
60 // FORWARD DECLARATIONS
61 //=============================================================================================================
62 
63 //=============================================================================================================
70 {
71 public:
72  typedef QSharedPointer<MinimumNorm> SPtr;
73  typedef QSharedPointer<const MinimumNorm> ConstSPtr;
75  //=========================================================================================================
85  explicit MinimumNorm(const MNELIB::MNEInverseOperator &p_inverseOperator, float lambda, const QString method);
86 
87  //=========================================================================================================
98  explicit MinimumNorm(const MNELIB::MNEInverseOperator &p_inverseOperator, float lambda, bool dSPM, bool sLORETA);
99 
100  virtual ~MinimumNorm(){}
101 
102  //=========================================================================================================
113  virtual MNELIB::MNESourceEstimate calculateInverse(const FIFFLIB::FiffEvoked &p_fiffEvoked, bool pick_normal = false);
114 
115  virtual MNELIB::MNESourceEstimate calculateInverse(const Eigen::MatrixXd &data, float tmin, float tstep, bool pick_normal = false) const;
116 
117  //=========================================================================================================
125  virtual void doInverseSetup(qint32 nave, bool pick_normal = false);
126 
127  //=========================================================================================================
133  virtual const char* getName() const;
134 
135  //=========================================================================================================
141  virtual const MNELIB::MNESourceSpace& getSourceSpace() const;
142 
143  //=========================================================================================================
149  inline MNELIB::MNEInverseOperator& getPreparedInverseOperator();
150 
151  //=========================================================================================================
157  void setMethod(QString method);
158 
159  //=========================================================================================================
166  void setMethod(bool dSPM, bool sLORETA);
167 
168  //=========================================================================================================
174  void setRegularization(float lambda);
175 
176  //=========================================================================================================
182  inline Eigen::MatrixXd& getKernel();
183 
184 private:
185  MNELIB::MNEInverseOperator m_inverseOperator;
186  float m_fLambda;
187  QString m_sMethod;
188  bool m_bsLORETA;
189  bool m_bdSPM;
191  bool inverseSetup;
193  Eigen::SparseMatrix<double> noise_norm;
194  QList<Eigen::VectorXi> vertno;
195  FSLIB::Label label;
196  Eigen::MatrixXd K;
197 };
198 
199 //=============================================================================================================
200 // INLINE DEFINITIONS
201 //=============================================================================================================
202 
203 inline Eigen::MatrixXd& MinimumNorm::getKernel()
204 {
205  return K;
206 }
207 
208 //=============================================================================================================
209 
211 {
212  return inv;
213 }
214 } //NAMESPACE
215 
216 #endif // MINIMUMNORM_H
MNELIB::MNEInverseOperator & getPreparedInverseOperator()
Definition: minimumnorm.h:210
#define INVERSESHARED_EXPORT
Minimum norm estimation.
Definition: minimumnorm.h:69
Eigen::MatrixXd & getKernel()
Definition: minimumnorm.h:203
Freesurfer/MNE label.
Definition: label.h:80
Source Space descritpion.
evoked data
Definition: fiff_evoked.h:77
Inverse algorithm interface.
QSharedPointer< MinimumNorm > SPtr
Definition: minimumnorm.h:72
Label class declaration.
QSharedPointer< const MinimumNorm > ConstSPtr
Definition: minimumnorm.h:73