inv_convenience.h

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#ifndef INV_CONVENIENCE_H
#define INV_CONVENIENCE_H
 
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// INCLUDES
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#include "inv_global.h"
#include "inv_source_estimate.h"
 
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// EIGEN INCLUDES
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#include <Eigen/Core>
 
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// QT INCLUDES
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#include <QList>
#include <QString>
#include <QPair>
#include <QMap>
 
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// FORWARD DECLARATIONS
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namespace MNELIB
{
class MNEInverseOperator;
class MNEForwardSolution;
}
namespace FIFFLIB
{
class FiffEvoked;
class FiffRawData;
class FiffCov;
class FiffInfo;
}
 
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// DEFINE NAMESPACE INVLIB
//=============================================================================================================
 
namespace INVLIB
{
 
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INVSHARED_EXPORT QList<InvSourceEstimate> applyInverseEpochs(
    const QList<Eigen::MatrixXd>& epochs,
    const MNELIB::MNEInverseOperator& inverse,
    float lambda2,
    const QString& method = "dSPM",
    float tmin = 0.0f,
    float tstep = 0.001f,
    bool pickNormal = false);
 
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INVSHARED_EXPORT InvSourceEstimate applyInverseRaw(
    const FIFFLIB::FiffRawData& raw,
    const MNELIB::MNEInverseOperator& inverse,
    float lambda2,
    const QString& method = "dSPM",
    int from = -1,
    int to = -1,
    bool pickNormal = false);
 
//=============================================================================================================
INVSHARED_EXPORT FIFFLIB::FiffEvoked applyForward(
    const MNELIB::MNEForwardSolution& fwd,
    const InvSourceEstimate& stc,
    const FIFFLIB::FiffInfo& info);
 
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INVSHARED_EXPORT QPair<Eigen::VectorXd, Eigen::VectorXd> estimateSnr(
    const FIFFLIB::FiffEvoked& evoked,
    const MNELIB::MNEInverseOperator& inverse);
 
//=============================================================================================================
INVSHARED_EXPORT QPair<Eigen::MatrixXd, int> computeWhitener(
    const FIFFLIB::FiffCov& noiseCov,
    int rank = 0);
 
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INVSHARED_EXPORT QPair<Eigen::MatrixXd, Eigen::VectorXd> computeSourcePsd(
    const InvSourceEstimate& stc,
    float sfreq,
    float fmin = 0.0f,
    float fmax = -1.0f,
    int nFft = 0);
 
//=============================================================================================================
INVSHARED_EXPORT QMap<QString, Eigen::VectorXd> computeSourceBandPower(
    const InvSourceEstimate& stc,
    float sfreq,
    const QMap<QString, QPair<float, float>>& bands);
 
} // namespace INVLIB
 
#endif // INV_CONVENIENCE_H