dipole_fit_settings.h

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#ifndef DIPOLEFITSETTINGS_H
#define DIPOLEFITSETTINGS_H
 
//=============================================================================================================
// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "../inverse_global.h"
#include "ecd_set.h"
 
#include <mne/c/mne_types.h>
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QSharedPointer>
#include <QStringList>
 
#define BIG_TIME 1e6
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE INVERSELIB
//=============================================================================================================
 
namespace INVERSELIB
{
 
//=============================================================================================================
// FORWARD DECLARATIONS
//=============================================================================================================
 
//=============================================================================================================
class INVERSESHARED_EXPORT DipoleFitSettings
{
public:
    typedef QSharedPointer<DipoleFitSettings> SPtr;             
    typedef QSharedPointer<const DipoleFitSettings> ConstSPtr;  
    //=========================================================================================================
    explicit DipoleFitSettings();
 
    //=========================================================================================================
    explicit DipoleFitSettings(int *argc,char **argv);
 
    //=========================================================================================================
    virtual ~DipoleFitSettings();
 
    //=========================================================================================================
    void checkIntegrity();
 
public:
    QString bemname;                    
    Eigen::Vector3f r0;                 
    bool   accurate;                
    QString mriname;                    
    QString guessname;                  
    QString guess_surfname;             
float guess_rad;                
    float guess_mindist;            
    float guess_exclude;            
    float guess_grid;               
    QString noisename;                  
    float grad_std;             
    float mag_std;
    float eeg_std;
    bool  diagnoise;                
    QString measname;                   
    bool  is_raw;               
    char  *badname;                 
    bool  include_meg;              
    bool  include_eeg;              
    float tmin;             
    float tmax;
    float tstep;                
    float integ;
    float bmin;                 
    float bmax;
    bool  do_baseline;              
    int   setno;                    
    bool  verbose;
    MNELIB::mneFilterDefRec filter;
    QStringList projnames;              
    bool omit_data_proj;
 
    QString eeg_model_file;             
    QString eeg_model_name;             
    float  eeg_sphere_rad;              
    bool    scale_eeg_pos;          
    float  mag_reg;                 
    bool   fit_mag_dipoles;
 
    float  grad_reg;                
    float  eeg_reg;                 
    QString dipname;                    
    QString bdipname;                   
    bool gui;                       
private:
    void initMembers();
    void usage(char *name);
    bool check_unrecognized_args(int argc, char **argv);
    bool check_args (int *argc,char **argv);
};
 
//=============================================================================================================
// INLINE DEFINITIONS
//=============================================================================================================
} //NAMESPACE
 
#endif // DIPOLEFITSETTINGS_H