inv_dipole_fit_settings.h

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#ifndef INV_DIPOLE_FIT_SETTINGS_H
#define INV_DIPOLE_FIT_SETTINGS_H
 
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// INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include "../inv_global.h"
#include "inv_ecd_set.h"
 
#include <mne/mne_types.h>
 
//=============================================================================================================
// EIGEN INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <Eigen/Core>
 
//=============================================================================================================
// QT INCLUDES
//=============================================================================================================
 
#include <QSharedPointer>
#include <QStringList>
 
//=============================================================================================================
// DEFINE NAMESPACE INVLIB
//=============================================================================================================
 
namespace INVLIB
{
 
//=============================================================================================================
// CONSTANTS
//=============================================================================================================
 
inline constexpr double BIG_TIME = 1e6;
 
//=============================================================================================================
// FORWARD DECLARATIONS
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class INVSHARED_EXPORT InvDipoleFitSettings
{
public:
    typedef QSharedPointer<InvDipoleFitSettings> SPtr;            
    typedef QSharedPointer<const InvDipoleFitSettings> ConstSPtr; 
 
    //=========================================================================================================
    explicit InvDipoleFitSettings();
 
    //=========================================================================================================
    explicit InvDipoleFitSettings(int* argc, char** argv);
 
    //=========================================================================================================
    virtual ~InvDipoleFitSettings();
 
    //=========================================================================================================
    bool checkIntegrity();
 
public:
    QString bemname;    
    Eigen::Vector3f r0; 
    bool accurate;      
    QString mriname;    
 
    QString guessname;      
    QString guess_surfname; 
    float guess_rad;        
    float guess_mindist;    
    float guess_exclude;    
    float guess_grid;       
 
    QString noisename; 
    float grad_std;    
    float mag_std;     
    float eeg_std;     
    bool diagnoise;    
 
    QString measname;            
    bool is_raw;                 
    QString badname;             
    bool include_meg;            
    bool include_eeg;            
    float tmin;                  
    float tmax;                  
    float tstep;                 
    float integ;                 
    float bmin;                  
    float bmax;                  
    bool do_baseline;            
    int setno;                   
    bool verbose;                
    MNELIB::MNEFilterDef filter; 
    QStringList projnames;       
    bool omit_data_proj;         
 
    QString eeg_model_file; 
    QString eeg_model_name; 
    float eeg_sphere_rad;   
    bool scale_eeg_pos;     
    float mag_reg;          
    bool fit_mag_dipoles;   
 
    float grad_reg;   
    float eeg_reg;    
    QString dipname;  
    QString bdipname; 
 
    bool gui; 
 
private:
    void initMembers();
    void usage(const char* name);
    bool check_unrecognized_args(int argc, char** argv);
    bool check_args(int* argc, char** argv);
};
 
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// INLINE DEFINITIONS
//=============================================================================================================
} //NAMESPACE
 
#endif // INV_DIPOLE_FIT_SETTINGS_H